Negli anni universitari l’interesse per la letteratura si approfondì in interesse per l’uomo, ed Edith aggiunse alle lezioni di storia e letteratura anche la frequenza a corsi della nascente scienza psicologica. Fu nell’ambito di questi studi — in quel momento, a Breslavia, psicologia e filosofia erano viste quasi come un’unica scienza — che un giovane docente, Georg Moskiewicz, le passò il secondo volume delle "Ricerche logiche" (Logische Untersuchungen) di Edmund Husserl, professore di filosofia all’università di Gottinga ("Gli altri hanno preso tutto da qui", le disse Moskiewicz). Affascinata da questa lettura, attratta dalle descrizioni che Moskiewicz le faceva dell’ambiente universitario di Gottinga e incoraggiata dall’invito di un suo cugino che insegnava in quella università, decise di andarvi a frequentare un semestre, il suo quinto. Prima di partire aveva concordato un tema di tesi di psicologia sperimentale con il professor Stern.
Edith Stein arrivò a Gottinga nella primavera del 1913, e questa città divenne ben presto la sua patria intellettuale. La fenomenologia insegnata da Husserl era veramente un pensiero innovativo: la concezione della filosofia come scienza rigorosa contrastava con i riduttivismi scientifici — soprattutto di tendenza psicologista — allora in voga, mentre l’invito a riportare l’attenzione sulle cose sembrava rompere con i vari tipi di idealismo, ripristinando le condizioni per svolgere una filosofia realista. Fra i giovani fenomenologi si percepiva l’entusiasmo dei pionieri. Essi comprendevano la sua filosofia quale svolta verso il concreto, "ritorno all'oggettivismo".
Un incontro importante per la maturazione intellettuale e spirituale della giovane filosofa fu quello con Max Scheler. Questi era stato diffidato dall’insegnamento nell’università di Gottinga. In questi incontri Edith Stein poté constatare le divergenze fra Husserl e Scheler: "Scheler naturalmente era aspramente contrario alla svolta idealistica e si esprimeva quasi in tono di superiorità (...). I rapporti tra Husserl e Scheler non erano del tutto sereni. Scheler non perdeva occasione di ribadire che non era allievo di Husserl, ma aveva trovato personalmente il metodo fenomenologico. Per quanto egli non fosse stato suo allievo, Husserl era tuttavia convinto della sua dipendenza da lui. (...) [Scheler] accoglieva da altri delle idee che poi trovavano sviluppo dentro di lui, senza che lui stesso si accorgesse di essere stato influenzato. In tutta coscienza poteva affermare che era tutta farina del suo sacco".
Dai ricordi della Stein emerge il ritratto di un filosofo affascinante. Ma di particolare interesse risulta l’impatto che ebbe sulla giovane filosofa la sua maniera di difendere la fede — si era convertito al cattolicesimo — che, sebbene non portò Edith Stein ad esaminare seriamente il tema, per lo meno le trasmise l’idea della dignità filosofica dell’argomento, cosa che veniva invece esclusa dal pur credente Husserl, per il quale la religione poteva essere solo oggetto di fede, non di speculazione filosofica. Si vedrà più avanti come questo porterà la Stein a concludere che la fenomenologia secondo la concezione di Husserl è incompatibile con la fede.
La nuova fenomenologa decise di rimanere a Gottinga per terminare lì gli studi universitari. Quasi subito aveva abbandonato l’idea della tesi con Stern, e chiese a Husserl di farle da relatore, per studiare il tema dell’empatia (Einfühlung). Così lei stessa spiega la sua tesi: "Nel suo seminario sulla natura e lo spirito, Husserl aveva parlato del fatto che un mondo esterno oggettivo poteva essere conosciuto solo in modo intersoggettivo, cioè da una maggioranza di individui conoscenti che si trovino tra loro in uno scambio conoscitivo reciproco. Di conseguenza, è premessa una esperienza di altri individui. Collegandosi alle opere di Theodor Lipps, Husserl chiamava Einfühlung (intuizione [meglio "empatia"]) questa esperienza, ma non dichiarava in che cosa consistesse. C’era perciò una lacuna che andava colmata: io volevo ricercare che cosa fosse l’intuizione. Ciò non dispiacque al maestro".
Si trattava di un argomento chiave per il metodo fenomenologico, ma non era stato ancora sviluppato, solo Scheler vi faceva riferimento, ma più per una comprensione intuitiva del problema che per averlo approfondito; Husserl lo esaminerà molti anni più tardi. Questo è indicativo della tendenza di Edith Stein ad andare a fondo nelle questioni e del suo costante interesse per gli aspetti umani dei problemi; allo stesso tempo è un primo indice di quel certo disordine di Husserl, che contribuì a rendere difficile la comprensione con i suoi discepoli.
Allo scoppiare della prima guerra mondiale scrisse: "Ora non ho più una mia propria vita". Tutti i suoi amici si stavano sparpagliando sui vari fronti. Il suo spirito patriottico le faceva sembrare un tradimento l’occuparsi dei suoi problemi filosofici mentre la gente moriva per il suo paese, e decise così di presentarsi come infermiera volontaria nella Croce Rossa. Fu quindi assegnata ad un ospedale militare per malattie infettive, dove lavorò con tanto impegno che, dopo circa nove mesi, venne dimessa dal servizio per l’evidente stato di esaurimento in cui si trovava. Tornò così a lavorare alla tesi. Nel frattempo Husserl, che a Gottinga era professore straordinario, aveva ottenuto la cattedra di ordinario di filosofia all’università di Friburgo in Brisgovia (Freiburg im Breisgau) e si era trasferito in quella città.